Film yang dikemas dengan sentuhan kilas balik (flash back) ini berkisah tentang seseorang bernama Ethan Powell (diperankan oleh Anthony Hopskins) yang berprofesi sebagai seorang peneliti di bidang primatologi- bidang ilmu pengetahuan tentang primata. Untuk menyempurnakan rencana penelitiannya tentang kehidupan gorila, Powell tinggal di pedalaman hutan di Rwanda selama dua tahun.
Dalam melakukan penelitian terhadap gorila, Powell melakukannya secara totalitas tinggi. Ia melakukan studi etnografi dan didukung dengan pengamatan (observasi) terhadap kehidupan gorila secara seksama. Seiring dengan hal itu, perkembangan yang ia dapat semakin besar. Hal ini terlihat dari keadaan di mana ia mulai berani untuk mendekati dan berusaha masuk ke dalam kawasan lingkaran komunitas gorila tersebut. Akhirnya ia mulai dapat diterima di dalam komunitas gorila yang sebenarnya merupakan kawanan binatang liar dan buas. Selain itu, sejalan dengan waktu Powell mulai menemukan kenyamanan dan kedamaian yang sesungguhnya di dalam komunitas gorila tersebut.
Pada saat Powell mulai menjalankan kehidupannya bersama komunitas gorila, tiba-tiba sekelompok orang kulit hitam yang tidak bertanggung jawab mengganggu kelangsungan hidup para gorila tersebut. Dentuman senapan angin melintas di mana-mana, para orang kulit hitam mulai membantai para gorila. Komunitas gorila merasa terusik kehidupannya dan mulai berlari menyelamatkan diri namun banyak dari mereka yang tidak selamat. Di saat itu pula, Powell yang berada di sana merasakan kegetiran dan kecemasan yang dirasakan oleh para gorila tersebut. Kemudian ia mulai melakukan tindakan reaksi perlawanan terhadap kelompok orang kulit hitam yang didalangi oleh penjaga hutan.
Puncaknya, ketika Powell melihat ada seekor gorila betina yang berusaha untuk melindungi anaknya yang dalam keadaan terancam, ia melakukan penembakan ke arah orang kulit hitam tersebut. Akibatnya, insiden di hutan tersebut menyebabkan tewasnya dua orang kulit hitam yang dilakukan oleh Powell meskipun sebenarnya lebih banyak gorila yang menderita dan tewas.
Tewasnya orang kulit hitam dalam insiden di hutan yang dilakukan oleh Powell menyebabkan Powell harus mendekam di penjara di Rwanda. Kemudian setelah beberapa waktu menjalani hukuman, Powell akhirnya dievakuasi dari Rwanda ke Amerika Serikat.
Berdasarkan keputusan pengadilan menyatakan bahwa Powell mengalami gangguan jiwa maka ia akan ditangani lebih lanjut oleh pihak psikiatri di Amerika Serikat. Orang yang bertindak sebagai psikiater yang akan menangani kasus Powell ini adalah Theo Caulder (diperankan oleh Cuba Gooding Jr.).
Di Amerika Serikat, Powell ditempatkan di sebuah penjara khusus narapidana yang memiliki gangguan jiwa. Bila melihat kondisi lingkungan penjara di sana sangat tidak manusiawi, hal ini terlihat dari tata letak ruangan penjara yang padat dan tidak ada pencahayaan dari matahari yang masuk ke dalam lingkungan penjara. Di sana, rutinitas kegiatan para narapidana terkesan membuat mereka jenuh dan menjadikan diri dan jiwa mereka semakin terganggu.
Para sipir penjara bersikap sangat kasar dan sadis ; sering kali mereka dengan sengaja membuat suasana keruh di antara para narapidana dan akhirnya terjadi pertikaian. Penanganan dokter yang tersedia di penjara tersebut sangat tidak baik hal ini terlihat dengan mudahnya dokter tersebut melakukan tindakan jalan pintas untuk menangani pasien narapidana yang sedang kambuh. Selain itu, setiap hari salah satu sipir membagikan kartu kepada para narapidana untuk mendapatkan kesempatan menghirup udara segar dan cahaya matahari di sebuah ruangan kecil berumput dan tanpa atap yang masih berada di lingkungan penjara. Pembagian kartu tersebut sangat tidak adil karena adanya dominasi yang dilakukan oleh seorang narapidana yang memiliki kekuatan dan kekuasaan di antara para narapidana.
Penanganan kasus Powell yang dilakukan oleh Caulder sangat kompleks. Hal ini terlihat betapa sulitnya usaha yang dilakukan Caulder untuk memasuki ruang Powell. Banyak cara yang dilakukan oleh Caulder untuk menyelami perasaan Powell guna akhirnya mendapatkan bukti bahwa Powell tidak bersalah atas insiden di Rwanda.
Pendekatan Caulder kepada Powell lebih banyak dilakukan dengan cara berbincang-bincang mengenai hal-hal yang bersifat retrospektif yaitu mulai dari hal pekerjaan,kehidupan di Rwanda sampai dengan kehidupan keluarga Powell. Meskipun banyak cara yang dilakukan oleh Caulder untuk mendekati Powell, namun Powell adalah sosok yang sangat pintar dan lihai. Ia tahu dan dapat membaca strategi yang dilakukan oleh Caulder. Oleh karena itu, ia pun tidak segan-segan menjebak Caulder dalam situasi yang rumit dan membuat Caulder harus berpikir lebih dalam untuk mencari jawaban dari pernyataan Powell tersebut.
Akhirnya, Caulder mulai dapat mendekati Powell setelah beberapa waktu terjadi ketegangan-ketegangan di antara mereka. Powell pun mulai membuka diri setelah ia menyadari dan merasakan bahwa Caulder adalah orang yang dapat ia percaya dan ia yakin nelalui Caulder ia akan mendapatkan kebebasannya.
Ketika Powell mulai mau bekerja sama dengan Caulder, ia pun mulai memasuki tahap pengadilan namun sangat disayangkan usaha untuk membebaskan Powell menemui jalan buntu. Hal ini dikarenakan Powell tidak dapat meredam emosi yang meledak-ledak di ruang pengadilan. Walhasil, setelah melalui beberapa pengadilan, akhirnya pengadilan memutuskan tidak memberikan kebebasan pada Powell.
Kebebasan secara legal memang tidak didapatkan oleh Powell. Selain itu, Caulder pun tidak mendapatkan kesuksesan pemecahan kasus secara resmi namun keduanya baik Powell dan Caulder menemukan kebebasan dan kepuasan tersendiri yaitu dengan dibantu oleh teman-teman narapidana, Powell dapat melarikan diri dari penjara tersebut dan berhasil kembali ke komunitas gorila tersebut. Sedangkan Caulder, meskipun ia tidak mendapatkan peningkatan karir hasil menghantarkan Powell pada kebebasan yang diberikan oleh pengadilan, namun ia telah berhasil mengikuti kata hatinya sesuai dengan instingnya yaitu ia merasa perlu membantu Powell menuju kebebasannya meskipun ia sadar bahwa hal yang ia lakukan adalah ilegal.